Zoologická zahrada Hodonín, která v rámci Unie českých a slovenských zoo patří k nejmenším a nejmladším, vznikla v roce 1977. Úvahy o založení zookoutku, který jí předcházel, se však datují rokem 1972. S myšlenkou vybudovat ve městě zařízení, jež by přispělo ke zlepšení životního prostředí, rozšířilo možnosti odpočinku jeho obyvatel a zvláště se pak vhodnou formou podílelo na výuce školáků a pěstování jejich vztahu k živé přírodě, přišlo tehdejší nové vedení městského národního výboru v čele s předsedou Emilem Schwarzem. Pro svůj záměr si vytypovalo okrajovou část hodonínské Dúbravy v severozápadní části Hodonína a už v roce 1973 jej Rada města schválila.
Výstavba zookoutku začala v dubnu hned následujícího roku. Na stavebních a dalších pracích se formou svépomoci, v takzvané akci „Z“, podílela zejména myslivecká sdružení, ale i organizace tehdejší národní fronty i jednotlivci z řad veřejnosti. Nebylo ničím výjimečným, když v areálu pracovalo najednou tři sta lidí. A díky tomu byl zookoutek už 1. května 1976 předán k částečnému provozu. Definitivně se však jeho brána otevřela až 29. září 1977. K vidění tehdy bylo několik druhů domácích zvířat, šelmy a malé opice.
Po pěti letech, kdy zařízení zaznamenávalo více než sedmdesát tisíc návštěvníků za sezonu, bylo zřejmé, že jeho význam daleko překročil původní předpoklady. Zookoutek poté, co se v něm v krátké době vystřídali čtyři ředitelé, v roce 1982 získal statut zooparku a deset let poté, 26. dubna 1992, se díky intenzivním chovatelským i budovatelských aktivitám přeměnil v zoologickou zahradu. Ta se současně stala právoplatným členem Unie českých a slovenských zoologických zahrad.
Dnešní zoo prochází postupnou rekonstrukcí původních staveb či výstavbou nových pavilonů. Rozkládá se na čtyřech a půl hektaru parkové plochy s uměle vytvořenými vodními nádržemi. Dosavadním vrcholem modernizačního procesu je vedle vzdělávacího centra s ubikacemi a výběhy velkých kočkovitých šelem (otevřeno 19. září 2007) především nová provozní budova a nové gastro zařízení, k jejichž slavnostnímu otevření došlo v červenci 2020.
Zoo Hodonín v současnosti chová přibližně 400 kusů našich i exotických zvířat ve zhruba 100 druzích. Ochraňuje přitom ohrožené druhy světové fauny, čímž přispívá k naplňování základního poslání zoologických zahrad. Ze vzácných zvířecích druhů mohou návštěvníci obdivovat šimpanze a drápkaté opičky. K vidění jsou ale i zebry, velbloudi, několik druhů afrických antilop, ale také jaguáři, pár tygra ussurijského a lvi berberští. Zoo chová i několik druhů sov a v kolekci exotických ptáků.
Do roku 2021 se mohla zahrada pochlubit i akváriemi s mořským světem. V důsledku tornáda, které část areálu 24. června 2021 zasáhlo, došlo k narušení statiky tohoto pavilonu a ten je nyní připraven k demolici. Tornádo zasáhlo rovněž přilehlý útulek pro psy náležící pod zoo. V současné době je v plánu vybudování nového pavilonu akvárií i útulku pro psy.
Zahrada během svého rozvoje nezapomněla ani na doplňkové aktivity a zvyšování návštěvnického komfortu. V jejím areálu vedle moderního sociálního zařízení vznikla dětská hřiště s atrakcemi a ekokoutek a zřízen byl i přebalovací pult. K dispozici je též obchod se suvenýry, nové gastro zařízení s výdejním oknem nejen uvnitř areálu, ale i zvenku, takže občerstvit se mohou nejen návštěvníci zoo, ale také kolemjdoucí mimo areál. Odborná i laická veřejnost přitom oceňuje, že přes veškeré změny si zoo rozkládající se na příjemné, pro každého schůdné rovince, dokázala zachovat svůj přírodní ráz v krásném prostředí lužního lesa.
Zoo Hodonín se dostalo velké cti, když byla v září 2014 přijata do Evropské asociace zoo a akvárií (EAZA).