Zoo Hodonín podporuje in situ projekty a programy na záchranu ohrožených druhů zvířat, např. v rámci ZOO 2NATURE – The Kukang Rescue Program, Projekt Altaica, Save the Rhino International , dále kampaně EAZA a CCBC.
Zoo Hodonín také podporuje a spolupracuje i s dalšími organizacemi na ochranu přírody: AOPK, ČSOP, Koalice proti palmovému oleji, Derbianus conservation, Save elephants, Společnost Na zemi – fair trade, Hnutí Brontosaurus, Záchranná stanice a ekocentrum Pasíčka.